شنیده‌ها حکایت از آن دارد که صلاحیت عده‌ای از طلاب قم که برای شرکت در مجمع نمایندگان طلاب شهرستان‌ها جهت حضور در مدیریت حوزه علمیه قم ثبت‌نام کرده‌اند به‌دلیل اینکه به دیدار آیت‌الله هاشمی رفسنجانی رفته بودند، رد شده است. روزنامه جمهوری اسلامی با انتشار این مطلب نوشت: «اکثر این افراد رد صلاحیت شده از اعضای خانواده‌های شهدا و جانبازان هستند. دخالت بعضی نهادهای غیرحوزوی در امور مدیریت حوزه مورد اعتراض طلاب و فضلای حوزه علمیه قم قرار گرفته بویژه آنکه حتی بعد از رحلت آیت‌الله هاشمی رفسنجانی نیز این عناصر درصدد انتقام گرفتن از این استوانه نظام هستند».